Le centre d'archives régional des Îles a été fondé le 3 mars 1993 en vertu de la partie III de la Loi des compagnies du Québec.

Le mandat du centre d'archives est l'acquisition, le traitement, la conservation et la diffusion d'archives d'individus, d'organismes et d'entreprises de la région des Îles-de-la-Madeleine.

En novembre 2002, il a obtenu la reconnaissance du ministère de la Culture et des Communications du Québec en vertu de la Loi sur les archives du Québec comme centre d'archives privées agrée. Il se joint à un réseau d'une trentaine d'organismes travaillant en partenariat avec les Archives Nationales du Québec pour la préservation du patrimoine archivistique québécois.

La dernière Entente cadre de développement entre le Gouvernement du Québec et du CRCDGIM (Conseil régional de développement Gaspésie Les Îles) prévoyait dans ses priorités du secteur culturel, la construction et l'agrément du Centre d'archives régional des Îles. Le 8 novembre 2002, la ministre de la culture et des communications annonce le financement de la construction de nouveaux espaces annexés à la bibliothèque du Pavillon Denise Leblanc, Collège de la Gaspésie et des Îles, dans le cadre du Programme d'aide aux équipements culturels.