On remarque plus de cas de sclérose en plaques de nos jours qu'il y a 30 ans ou plus, en raison de
l'amélioration des méthodes diagnostiques et du traitement ainsi que d'une espérance de vie plus longue des
personnes atteintes. On ne connaît toujours pas la cause de la sclérose en plaques, mais certains faits
permettent de supposer qu'une infection infantile jouerait un rôle dans son évolution. Rien ne vient
démontrer que l'immunisation pourrait être responsable de la sclérose en plaques.
On ne connaît pas la cause du syndrome de fatigue chronique. Certains opposants à la vaccination prétendent
que le vaccin contre l'hépatite B est responsable de cette maladie. Cependant, les études qui comparent les
adultes vaccinés à ceux non vaccinés ne permettent pas de conclure à un risque accru de syndrome de fatigue
chronique après la vaccination.
Il existe beaucoup d'autres maladies dont on ne connaît toujours pas la cause, tels l'arthrite rhumatoïde, la
maladie de Crohn, la colite ulcéreuse et le lupus érythémateux. Puisque la plupart des personnes atteintes de
ces maladies ont été vaccinées pendant leur enfance, il est facile de rendre le vaccin responsable de ces
maladies puisqu'on ne leur trouve pas d'autre cause. Cependant, rien ne permet d'affirmer que ces maladies
sont attribuables à la vaccination.
Une étude récente effectuée en Angleterre prétendait que la maladie de Crohn, une inflammation chronique
de l'intestin grêle, d'origine inconnue, s'observait plus souvent chez les jeunes adultes vaccinés contre la
rougeole que chez ceux qui ne le sont pas. Cependant, les méthodes utilisées dans le cadre de cette étude
comportaient des lacunes importantes, ce qui rend ses résultats difficiles à accepter. En outre, deux autres
laboratoires n'ont pu confirmer les conclusions de l'étude selon lesquelles on retrouve le virus de la rougeole
dans des échantillons de tissu enflammé provenant de personnes atteintes de la maladie de Crohn.