Boulton, Schultz et Scott décident de reprendre le Fort Garry. En route, ils rencontrent l’armée d’Ambroise Lépine. Plusieurs Canadiens sont faits prisonniers, y inclus Boulton et Scott. Schultz réussit à s’évader et retourne en Ontario d’où il mène une campagne contre Riel et le Gouvernement provisoire.

Dans sa cellule au Fort Garry, Thomas Scott continue d’insulter Riel et les Métis. Puisque ses gardes ne peuvent en venir à bout, Riel ordonne qu’il soit traduit en cour martiale. Il est trouvé coupable et condamné à mort. Thomas Scott est fusillé le 4 mars 1870.

Schmidt déclare, dans ses mémoires, qu’il avait de la difficulté à comprendre les motifs des Canadiens dans cette affaire: «Je ne m’arrêterai pas à essayer de justifier cette exécution, dont le peuple d’Ontario s’est servi pendant si longtemps pour soulever les préjugés et la haine, non seulement contre les Métis, mais contre tout ce qui était français et catholique. Je crois qu’aujourd’hui tout homme désintéressé concède que Riel et son gouvernement avaient parfaitement raison d’en agir ainsi. Ce gouvernement était le seul du pays, il avait été établi et reconnu par ses représentants. N’avait-il pas le droit de mettre à mort, comme font tous les gouvernements, ceux qui troublent la paix et ne cherchent que séditions et massacres?»25

Après l’exécution de Thomas Scott, la paix semble revenir dans la colonie de la Rivière-Rouge. Une délégation se rend à Ottawa pour négocier l’entrée de la colonie dans la Confédération canadienne. L’abbé Ritchot est le principal porte-parole de cette délégation.

Au printemps de 1870, les hivernants de la Montagne de Bois, de la Montagne de Cyprès et de la vallée de la Saskatchewan se rendent au Fort Garry, comme ils le font chaque année, pour faire leurs provisions et pour faire bénir leur mariage et baptiser leurs enfants.

Gabriel Dumont, le chef des Métis dans la vallée de la Saskatchewan, se rend également à Fort Garry cette année-là et offre les services de 500 hommes à Riel pour la défense de la colonie. Riel refuse cette offre et Dumont retourne à la Petite Ville26 où il se prépare pour la chasse aux bisons annuelle.

Le 3 mai 1870, le Parlement canadien adopte la Loi du Manitoba. La plupart des requêtes des Métis de la colonie de la Rivière-Rouge sont intégrées dans cette loi. Toutefois, Ottawa refuse de reconnaître la légitimité du Gouvernement provisoire et d’accorder une amnistie à tous les membres du Conseil. De plus, Ottawa décide d’envoyer une petite armée de 400 soldats et 800 miliciens sous la direction du colonel Wolseley pour assurer la transition du pouvoir du Gouvernement provisoire au nouveau lieutenant-gouverneur.

Malheureusement, plusieurs des membres de l’expédition Wolseley n’ont qu’une chose en tête: venger Thomas Scott. Riel et Ambroise Lépine doivent s’enfuir aux États-Unis.