Les conditions d'habitat dans la grotte sont particulières. La température y est de 6°Celcius en moyenne mais on note de légères fluctuations selon les parties de la grotte et les courants d'air. L'humidité y est très élevée; tellement que l'exhalation de notre souffle se transforme parfois en petites gouttelettes. C'est le même sort qui attend bactéries et spores présents en suspensions dans l'air de la grotte: ils sont vite enrobés par l'eau qui y condense et tombent alors sur le plancher.

La flore à l'intérieur de la grotte est pratiquement inexistante sauf peut-être quelques racines qui se sont faufilées dans les fissures de la roche. L'absence de lumière empêche la photosynthèse et, subséquemment, l'existence des plantes.

Historiquement, deux types de mammifères ont étés vus dans le Trou de Fée. Il s'agit des deux ratons laveurs, appelés aussi chats sauvages, qui furent à l'origine de la découverte de la grotte. Et une seule et unique chauve-souris, une Pipistrelle de l'Est (Pipistrellus subflavus), fut observée par Harold B. Hitchcock en 1944. Pourtant, ce mammifère volant affectionne particulièrement les endroits frais et humides et la vie d'ermite.

Parmi les insectes les plus minuscules (mesurant au plus 5 mm) on a observé les collemboles. Ces insectes ressemblent à de petits points blancs qui bondissent ici et là à tous moments. Ils sont munis sous leur corps d'une sorte de petite patte très semblable à un ressort qui leur permet de se projeter. Une équipe de zoologistes français aurait observé certaines espèces dépigmentées.

Des sauterelles des caves (Ceuthophilus Macalatios) aussi appelées criquets ont été inventoriées.

En septembre apparaît le papillon cavernicole (Scoliopterix Libatrix). Celui-ci ne quittera la grotte qu'en avril…c'est dire qu'il hibernera dans la grotte, parfois complètement recouvert de l'eau de condensation.

Les diptères (maringouins) se rassemblent dans la grotte en grandes colonies. Ils semblent s'accommoder du froid et de l'obscurité et on les retrouve parfois profondément dans la grotte. Rassurez-vous, dans un tel environnement, les moustiques ne piquent pas; fort heureusement.

Les cloportes abondants dans la grotte représentent flegmatiquement la classe des Crustacés.
La classe des Arachnides est représentée par des opilions, des araignées et des acariens.
Les opilions (Leiobonum longipes) communément appelés faucheux sont légèrement orangés et se caractérisent par leurs longues pattes fragiles.
Une araignée cavernicole totalement inoffensive, la Meta menardi, affectionne particulièrement les endroits froids et humides. Pas étonnant qu'on la retrouve en très grand nombre au Trou de Fée.

Sa toile crée un véritable réseau de fils de soie disposé le long des parois et servant de piège pour capturer les animaux qui se déplacent sur les murs.

Dès qu'une proie entre en contact avec les fils de soie, elle s'y empêtre et ses mouvements attirent immédiatement l'araignée. La capture, une fois immobilisée, est tuée par le venin de l'araignée. La proie est digérée à l'extérieur du corps de l'araignée grâce aux sucs digestifs qu'elle y injecte. Elle n'a plus qu'à ingérer la décoction nutritive ainsi obtenue. Son corps est gros comme le bout d'un petit doigt et grisâtre.

Il ne faudrait surtout pas oublier l'Homo sapiens sapiens (conseillae municipalis, déterminus et intrepideus) Gaetanio Riopela Sp. qui consacre temps, efforts et passion à la mise en valeur de la grotte !