Dans un premier temps, une grotte se met en place par destruction des roches encaissantes. On parle alors d'un phénomène karstique découlant de la dissolution des carbonates de calcium dont sont essentiellement composés les calcaires. Puis, dans sa seconde vie, la grotte se pare de concrétions diverses. Les carbonates de calcium s'y cristallisent, tapissant dans certains cas les murs de véritables joyaux. Le Trou de Fée est perché sur la rive ouest de la rivière Ouareau, qu'elle surplombe de 6 mètres au moins. Il fut, selon toutes vraisemblances, creusé par les eaux de la rivière. Mais comment, cette grotte, peut-elle se retrouver aujourd'hui ainsi juchée à plus de 6 mètres au-dessus de la rivière qui l'a engendrée ? Pour répondre à cette énigme, nous devons reconnaître qu'une bonne partie de l'histoire géologique nous échappe. La dernière glaciation a malheureusement effacé les indices et les traces de la géographie ainsi que la morphologie de la surface de notre portion de continent. Pour en connaître davantages sur cet événement quaternaire qui a marqué l'histoire naturelle de la région, consultez notre site Parcours géologique dans Lanaudière.
	Au Tertiaire, par exemple, nous n'avons rien d'observable et donc peu d'idées de ce qui s'édifiait sur ce terrain. Nous sommes portés à croire que c'est l'érosion qui dominait l'activité géologique du temps en ces lieux. Peut-être la rivière existait-elle et avait déjà entrepris l'ébauche de sa grotte ? Les spéléologues, à la lumière de nombreuses observations, s'entendent pour dire que la mise en place définitive de la grotte s'est conclue après la dernière glaciation. D'abord, la rivière Ouareau devait avoir à l'époque des proportions et un débit beaucoup plus importants qu'aujourd'hui. Celle-ci devait drainer une multitude de lacs dans lesquels les eaux de fonte du glacier s'étaient accumulées. La rivière a premièrement dégagé les sédiments meubles laissés par l'invasion de la Mer de Champlain. Par la suite, elle a graduellement attaqué la roche calcaire et ainsi a lentement établi son cours. De façon générale, c'est par érosion mécanique que les rivières creusent leur lit. Les sédiments dont elles sont chargées usent la roche et entaillent graduellement leur cours. Dans les calcaires, qui sont des roches très sensibles à l'attaque des acides, on parle davantage d'érosion chimique et de processus de dissolution. Ces processus sont regroupés sous le terme de phénomène karstique.
L'eau a la propriété d'absorber le gaz carbonique CO2 contenu dans l'air et dans les sols. En solution avec l'eau, les gaz carboniques forment un acide carbonique H2CO3 . L'acide carbonique est un acide faible qui procure tout de même à l'eau un pouvoir de dissolution des calcaires. De plus, faites l'expérience de chauffer un verre de boissons gazeuses… la boisson laissera échapper ses gaz et perdra ainsi son attrait pétillant. Il en est de même pour l'eau. Ainsi, plus une eau est froide, et plus elle a la capacité d'absorber les gaz comme l'oxygène ou le gaz carbonique et plus elle augmente son pouvoir acide. La grotte de Crabtree a sans aucun doute bénéficié de cette loi naturelle. Le climat et l'eau devaient être particulièrement froids puisque nous sortions à peine d'une glaciation. Paradoxalement, les calcaires comptent parmi les roches peu perméables à l'origine. Cependant, elles sont cassantes. C'est-à-dire, qu'elles se fracturent facilement sous l'effet des contraintes. Ainsi, les calcaires acquièrent une perméabilité secondaire dite de fissure. L'eau s'écoulant dans ces fractures va alors pouvoir dissoudre la roche.   Première vie du Trou de Fée Ainsi, l'histoire de la grotte se dessine lorsque la rivière commence à profiter d'un plan de stratification et des nombreuses fractures pour pénétrer la roche et y frayer son cours sous terre. Des formes typiques de dissolution sont toujours observables dans la grotte. Les coups-de-gouge qui se présentent comme de véritables vagues d'érosion ayant ciselé les parois de la grotte en sont de précieux exemples puisqu'ils nous informent sur le sens de l'écoulement de la rivière à l'origine même du façonnement de la cavité.     La section parfaitement circulaire de la conduite forcée nous informe, quant à elle, sur le caractère submergé de cette rivière souterraine à sa mise en place. Seconde vie du Trou de Fée En réponse au relèvement isostatique la rivière Ouareau a abandonné son cours souterrain et s'est encaissée rapidement dans son lit actuel formant progressivement un canyon aux berges verticales. La grotte, délaissée de la rivière qui lui a donné naissance, commence alors sa seconde existence. À ce stade, le phénomène de dissolution karstique vue ci-haut s'inverse et les carbonates de calcium présents dans l'eau se cristallisent sous diverses formes de concrétions. En fait, l'eau acidifiée par la présence du gaz carbonique, aura dissous les carbonates de calcium dans son voyage jusqu'à la cavité. Cette eau, à son arrivée dans l'espace vide de la grotte, perdra son contenu en gaz carbonique et les carbonates de calcium précipiteront. C'est ainsi que se sont formés, au rythme d'une fraction de millimètre par année, stalactites et stalagmites si populaires. Malheureusement la grande majorité des joyaux du Trou de Fée ont été détruits par des amateurs peu scrupuleux ou non conscients de la singularité de ces formes. On peut cependant reconnaître la trace de la racine circulaire de quelques stalactites sur le plafond de la grotte. Sur les portions inclinées de la voûte de la grotte, le long des fractures, on peut également observer d'intéressantes draperies. Ces formes de concrétions, comme le nom l'indique, ressemblent à de minces rideaux ondulants. Sur les parois, à certains endroits, on peut observer des microgours, sortes de petits barrages de calcites aux contours très réguliers semblables à des courbes de niveaux. Finalement, l'activité lente et inlassable de la grotte a été secouée par un effondrement majeur qui a peut-être eu pour conséquence de nous bloquer l'accès à d'autres somptueuses galeries ? .