Il y a quatre églises protestantes à Métis-sur-Mer. Ces église ont joué un rôle important dans le développement de cette communauté. Les premiers métissiens sont presbytériens; la communauté religieuse s'organise en 1824 avec la visite de l'archidiacre, six ans après l'arrivée des premiers colons écossais de John MacNider, seigneur des lieux depuis 1807.

       Ainsi, la première église est construite en 1847. Le bâtiment, qui existe encore de nos jours n'a plus le même aspect ni la même fonction qu'auparavant. L'église presbytérienne se situait dans l'aile ouest du bâtiment connu aujourd'hui sous le nom de Killicrankie Inn.

        L'église unie de Métis-sur-Mer, construite en 1866, est une église méthodiste wesleyenne jusqu'en 1925. En 1883, Métis-sur-mer a donc une église presbytérienne à la Pointe Legatt et une église méthodiste à Petit-Métis.

       La croissance de plus en plus rapide de la population estivale, le besoin d'une seconde église presbytérienne se fait rapidement sentir. En 1883 est donc fondée l'église presbytérienne du Petit-Métis plus connue sous le nom de l'église de la colline ou Kirk on the Hill pour satisfaire les besoins de la communauté estivale. Au début des années 1920, des rénovations sont effectuées : de nouvelles fondations sont construites, le toit et la porte de derrière sont restaurés. On achève l'installation de l'électricité en cours depuis trois ans. Le clocher, complètement séparé de l'église comme les campaniles que l'on retrouve en Europe, est construit en 1923. Le fait d'avoir un clocher complètement détaché du reste de l'église est unique au Québec.

        L'église d'été anglicane de Saint-Georges est construite en 1905 sous le patronage de la famille Molson, qui prend ses vacances dans le coin.

        L'église presbytérienne de la Pointe Legatt est reconstruite à Métis-sur-Mer en 1884 en l'emplacement de celle de Killiecrankie Inn