La première église de Mont-Joli a été construite à partir de la chapelle de Sainte-Flavie. En effet, on acquiert la vieille chapelle de Sainte-Flavie construite en 1850, et on récupère une partie des matériaux pour construire une chapelle à Mont-Joli. Celle-ci a été démolie lors de la construction de l'église actuelle. Le 30 juin 1905, Mont-Joli était définitivement organisé en paroisse religieuse et civile.

       L'église actuelle fut érigée entre 1925 et 1927 en granit de Beauce Québec. L'église paroissiale est bâtie sur un rocher, et c'est à cause de cette légère ressemblance avec Notre-Dame de Lourdes, en France, qu'on lui a donné Notre-Dame de Lourdes pour titulaire, dont la fête se célèbre, le 11 février. La pierre angulaire de la nouvelle église est bénite par Mgr Léonard, évêque de Rimouski, en 1925.

       Le nouveau temple ne sera terminé extérieurement qu'en 1927. L'intérieur sera complété pour la Messe de Minuit du 25 décembre 1951, alors que le R.P. Joseph était curé. L'architecte est Pierre Lévesque, de Québec. Une grotte est aménagée devant l'église en 1928 et dédiée à Notre-Dame-de-Lourdes.

       L'église est de style néoclassique. Sa façade comprend 3 tours, une au centre, les autres (petites) de chaque côté. Elle a trois portes de façade, un clocher en extension au centre de la façade. Le toit est en tôle pincée, les fenêtres en bois et semi-circulaires, les murs extérieurs en pierres de taille en rang.