Le territoire connu aujourd'hui canoniquement comme paroisse de Sainte-Flavie, naît officiellement en 1829. La reconnaissance civile date de 1835. Jusqu'en 1842, les paroissiens fréquentent l'église de Rimouski. Le curé de Sainte-Luce invite les familles de Sainte-Flavie à se rendre à son église tant et aussi longtemps que Sainte-Flavie ne possédera pas sa propre église.
À l'été 1850, s'érige une église en bois sur un terrain donné par les seigneuresses du lieu, les filles Drapeau. Entre 1873 et 1905, le territoire se morcelle pour faire place à deux nouvelles paroisses, Saint-Joseph-de-Lepage et Notre-Dame-de-Lourdes. Sainte-Flavie n'occupe plus que les rangs les plus près du fleuve.
L'église en bois, vendue à Notre-Dame-de-Lourdes de Mont-Joli, une nouvelle église en pierres voi le jour avec difficulté entre 1878 et 1884. Ce temple disparaît dans les flammes en 1943. Ce n'est qu'en 1948 qu'une troisième église, œuvre de l'architecte Albert Leclerc de Rimouski, campe à la croisée des chemins de la Gaspésie.
L'église de Sainte-Flavie n'a pas de style particulier. Son clocher est en extension sur le côté de la façade principale qui compte trois portes. Le toit est en bardeau, les murs en pierres de taille placées en rang. L'organisation spatiale se caractérise par des chapelles intérieures à nef à trois vaisseaux. Il y a des colonnades seulement dans la nef. Le plafond est plat, les murs intérieurs sont finis en blocs de béton.
Référence : 3, 60