C-EnterNet Rapport annuel 2005–2006

...Programme de surveillance nationale intégrée des pathogènes entériques

Table des matières

• Remerciements
• Sommaire

1. Introduction
   1.1 Contexte
   1.2 État d'avancement du programme C-EnterNet - Juillet 2006
   1.3 Portée du rapport
   
2. Cas humains
   2.1 Aperçu des cas humains
   2.2 Cas associés à une éclosion
   2.3 Cas liés à des voyages
   2.4 Cas endémiques
3. Campylobacter
   3.1 Cas humains
   3.2 Surveillance de l'exposition
   3.3 Attribution de source
   
4. Salmonella
   4.1 Cas humains
   4.2 Surveillance de l'exposition
   4.3 Attribution de source
5. E. Coli pathogène
   5.1 Cas humains
   5.2 Surveillance de l'exposition
   5.3 Attribution de source
6. Yersinia
   6.1 Cas humains
   6.2 Surveillance de l'exposition
   6.3 Attribution de source
7. Listeria
   7.1 Cas humains
   7.2 Surveillance de l'exposition
   7.3 Attribution de source
8. Parasites
   8.1 Giardiase
   8.2 Cryptosporidiose
   8.3 Cyclosporose
   8.4 Amibiase
9. Attribution de source
   9.1 Risques liés à l'alimentation, aux animaux et à l'eau
   9.2 Activités ponctuelles éclairant l'attribution de source menées au cours de la première anné
   9.2.1 Sondage sur la consommation d'aliments
   9.2.2 Sondage sur la consommation d'eau de boisson
   9.2.3 Risques liés à l'eau de puits privés
   9.2.4 Dénombrement des agents pathogènes présents dans la viande vendue au détail
   9.2.5 Charge pathogène durant l'entreposage frigorifique
   9.3 Activités liées à l'attribution de source.
10. Vers l'avenir

• Annexe A : Profil du site sentinelle 1 Région de Waterloo (Ontario)
• Annexe B : Méthode d'échantillonnage
  • Sources d'exposition et agents pathogènes
  • Calendrier de l'échantillonnage
  • Cas humains
  • Aliments vendus au détail
  • Agriculture
    • Échantillonnage de fumier de porc
    • Échantillonnage de fumier de bovins laitiers
  • Eau
• Annexe C : Résultats du questionnaire

• Abréviations utilisées
• Glossaire
• Liste des figures
• Liste des tableaux
• Tables

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Sommaire

C-EnterNet est une initiative de multipartenariat orchestrée par l'Agence de santé publique du Canada et financée par Agriculture et Agroalimentaire Canada, par le biais du Cadre stratégique pour l'agriculture. Elle a pour but d'appuyer des activités qui permettront de réduire le fardeau des maladies entériques (gastro-intestinales) par l'intermédiaire d'une surveillance sentinelle complète mise en oeuvre par l'entremise de services locaux de santé publique. Ses principaux objectifs sont les suivants :

• Déceler les changements dans les tendances concernant les maladies entériques humaines et les niveaux d'exposition aux agents pathogènes d'origine alimentaire, animale et hydrique dans une population donnée;
• Effectuer l'attribution de source (c.-à-d. déterminer la proportion de cas humains associée aux différentes voies d'exposition, soit l'eau, les aliments et les animaux);
• Améliorer l'analyse, l'interprétation et la communication des données de laboratoire et des données épidémiologiques utiles dans les contextes de la santé publique et de la gestion de l'eau et de l'agroalimentaire.

C-EnterNet propose d'opérer 5 ou 6 sites sentinelles au Canada par le biais d'activités de surveillance continue et ponctuelle concernant chacun des quatre volets suivants : humains, aliments, eau et animaux destinés à l'alimentation. La plupart des activités de surveillance continue planifiées ont été mises en oeuvre dans le premier site sentinelle (pilote) du programme - la région de Waterloo, Ontario (site sentinelle 1) - au cours de 2005. Plus précisément, C-EnterNet a pu produire des données par site sur l'incidence et les facteurs de risque concernant les maladies entériques humaines à déclaration obligatoire. C-EnterNet a également commencé à recueillir des données sur les agents pathogènes de la plupart des sources d'exposition qui sont, a priori, importantes à l'intérieur de la zone géographique du site sentinelle, notamment, les eaux de surface non traitées, le fumier entreposé et frais provenant des exploitations laitières et porcines, et les viandes crues vendues au détail. Ce premier rapport présente les résultats des douze premiers mois d'activité, soit de la mi 2005 à la mi 2006.

Au total, 417 cas de 9 maladies entériques d'origine bactérienne et parasitaire ont été signalés aux autorités locales de la santé publique : 68 p. 100 des cas (282) étaient liés à une cause endémique, 21 p. 100 (88) à des voyages, et 11 p. 100 (47) à une éclosion. Les trois maladies les plus fréquentes, à savoir la salmonellose, la campylobactériose et la giardiase, comptaient pour plus de 80 p. 100 des cas endémiques et liés à des voyages.

On a recensé 129 cas (26,7/100 000 personnes-années) d'infection à Campylobacter. Sur ces 129 cas, 19 p. 100 (24) étaient liés à des voyages, et 81 p. 100 (105) ont été classés dans la catégorie » endémique « (21,8/100 000 personnes-années). La plupart des cas endémiques (69 p. 100) ont été signalés entre juin et septembre 2005, et pour la majorité d'entre eux (94 p. 100), il s'agissait d'infections à C. jejuni. Pour ce qui est de l'exposition à des animaux, on a noté un pourcentage plus élevé de contact avec des chiens de compagnie (36,5 p. 100) dans les cas d'infection à Campylobacter que dans les cas d'autres infections. Les repas au restaurant (37,8 p. 100) étaient aussi une cause fréquente comparativement aux cas d'infection par d'autres agents pathogènes. En parallèle, Campylobacter a été isolé avec succès dans des exploitations porcines (71 p. 100 des échantillons groupés) et des exploitations laitières (26 p. 100 des échantillons groupés), de la viande de poulet crue (37 p. 100) et de l'eau de surface non traitée (7 p. 100), mais pas dans le boeuf ni le porc crus vendus au détail. Selon les données, les porcs et les bovins laitiers sont des réservoirs de Campylobacter, et plus particulièrement de C. coli dans le cas des porcs. La viande de poulet crue est une source potentielle de transmission de C. coli et de C. jejuni à la maison. Le degré de contamination de la viande de poulet était habituellement faible (< 1 NPP/g) mais occasionnellement élevé, ce qui indique que le poulet vendu au détail pourrait être une source importante d'infections à C. coli et à C. jejuni chez les humains si la viande n'est pas suffisamment cuite ou si elle est manipulée de manière inadéquate durant la préparation des repas. On ne peut exclure les eaux de surface non traitées comme voie d'exposition possible même si des données supplémentaires sont nécessaires pour éclaircir ce point.

On a recensé 151 cas (31,3/100 000 personnes-années) de salmonellose. Sur ces 151 cas, 22,5 p. 100 (34) étaient liés à des voyages, 26,5 p. 100 (40) à une éclosion et 51 p. 100 (77) ont été classés dans la catégorie » endémique « (16/100 000 personnes-années). C'est entre juin et septembre 2005 que la plupart des cas endémiques (61 p. 100) ont été signalés. On a identifié 21 sérotypes, les trois plus courants étant Typhimurium (15), Heidelberg (10) et Enteritidis (6), comptant pour 53 p. 100 des isolats sérotypés. En ce qui concerne l'exposition à des animaux (à la ferme et dans d'autres endroits où l'on trouve des animaux d'élevage), les cas d'infection à Salmonella étaient associés à un degré d'exposition moins élevé que dans le cas des autres infections, à l'exception des contacts avec les animaux de compagnie (53,6 p. 100), légèrement supérieurs, et les chats de maison (18,8 p. 100). Bien que l'ingestion d'aliments insuffisamment cuits ait été rarement mentionnée (9 p. 100), il est intéressant de noter que les types de repas mentionnés étaient des mets à base de poulet et des omelettes. Salmonella a été isolé dans des échantillons prélevés dans des exploitations porcines (36 p. 100 des échantillons groupés) et laitières (13 p. 100 des échantillons groupés), de même que dans des échantillons de porc cru (2 p. 100), de poulet cru (27 p. 100), de boeuf cru (1 p. 100) et d'eau de surface non traitée (13 p. 100). Le nombre et les types de sérotypes identifiés variaient selon la source des échantillons, ce qui rend plus difficile l'attribution d'une source précise pour les infections humaines.

On a recensé 31 cas (6,4/100 000 personnes-années) d'infection à E. coli O157:H7. Sur ces 31 cas, aucun n'était lié à un voyage, 7 étaient liés à une éclosion et 24 ont été classés dans la catégorie » endémique « (5,0/100 000 personnes-années). En ce qui concerne les infections à E. coli O157: H7, les cas ayant déclaré utiliser un puits privé comme principale source d'approvisionnement en eau étaient deux fois plus nombreux que dans le cas des infections par d'autres agents pathogènes. Il y avait également d'autres sources d'exposition potentielles pour lesquelles on avait observé des proportions plus élevées, notamment : la consommation de viande provenant d'une boucherie; la baignade dans une piscine; le fait de vivre dans une ferme ou une région rurale; l'exposition à des animaux d'élevage; l'achat de produits dans une boucherie; la consommation de nourriture insuffisamment cuite (rôti de boeuf au barbecue ou bifteck tartare); la consommation de viande de chasse; la consommation de lait non pasteurisé. Une faible proportion des cas ont eu des contacts avec un animal de compagnie. En ce qui concerne les animaux d'élevage, les cas étaient davantage exposés à des bovins, des volailles, des chevaux et des chats que dans le cas des autres maladies. On a décelé la présence d'E. coli producteur de vérocytotoxine (ECPV) dans un échantillon de porc, mais dans aucun échantillon de poulet ou de boeuf. Trois échantillons de fumier de porc et 1 échantillon de fumier de bovins laitiers étaient positifs pour E. coli O157; des analyses plus poussées ont toutefois indiqué qu'il ne s'agissait pas de la souche H7. Les analyses moléculaires ont également permis de déceler la présence d'ECPV dans les échantillons d'eau de surface non traitée prélevés tout au long de l'année. Les porcs et les bovins laitiers peuvent être des réservoirs d'E. coli O157 non pathogène, et les eaux de surface non traitées sont une source potentielle d'ECPV. La viande crue est rarement contaminée par E. coli pathogène.

On a recensé 11 cas humains d'infection à Yersinia enterocolitica (2,3/100 000 personnes-années). Tous les cas ont été classés dans la catégorie » endémique « , et plus de la moitié ont été signalés entre juillet et septembre 2005. Dix-sept des côtelettes de porc analysées étaient contaminées par Yersinia. Toutefois, après une analyse de sous-typage, les souches se sont révélées non pathogènes. On a décelé la présence de Yersinia dans 6 p. 100 des 117 échantillons de fumier de porc. Pour le moment, on dispose des résultats de sous-typage pour 3 des échantillons positifs, et il s'agit de souches pathogènes.

Aucun cas humain de listériose n'a été recensé. Sept pour cent des échantillons de porc cru, 23 p. 100 des échantillons de boeuf cru et 28 p. 100 des échantillons de poulet cru étaient contaminés par Listeria. Quant aux échantillons de fumier de porc et de bovin, 61 p. 100 et 55 p. 100 se sont révélés positifs à l'égard de la bactérie. Après avoir procédé au sous-typage des isolats provenant des échantillons de fumier, on a pu constater que la proportion d'échantillons contaminés par L. monocytogenes était beaucoup plus faible. Les résultats du sous-typage des isolats provenant des échantillons de viande crue vendue au détail ne sont toujours pas disponibles.

On a recensé 54 cas de giardiase (11,2/100 000 personnes-années). Sur ces 54 cas, 31 p. 100 (17) étaient liés à des voyages, et 69 p. 100 (37) ont été classés dans la catégorie » endémique « (7,7/100 000 personnes-années). On a observé des proportions élevées en ce qui concerne les situations suivantes : baignade dans un lac (33,3 p. 100); baignade dans une piscine (26,7 p. 100); exposition à des animaux d'élevage (25,8 p. 100) et ingestion d'eau non traitée (24,1 p. 100). De tous les échantillons de viande analysés par microscopie, seul un échantillon de porc était contaminé par Giardia. Cinquante-quatre pour cent des échantillons de fumier de bovins laitiers et 50 p. 100 des échantillons de fumier de porc étaient contaminés par Giardia. Un premier sous-typage a révélé la présence d'assemblages zoonotiques (résultats à venir). On a détecté la présence de Giardia dans tous les échantillons d'eau de surface non traitée.

On a recensé 12 cas de cryptosporidiose (2,5/100 000 personnes-années). Sur ces 12 cas, 2 étaient liés à des voyages, et 10 ont été classés dans la catégorie » endémique « (2,1/100 000 personnes-années). On a observé des proportions élevées en ce qui concerne les situations suivantes : baignade et exposition à des animaux d'élevage. Aucune trace de Cryptosporidium n'a été détectée dans les échantillons de viande crue vendue au détail; toutefois, on a détecté la présence de l'organisme dans les échantillons groupés de fumier de porc et dans les échantillons groupés de fumier de bovins laitiers. Dix-sept échantillons de fumier de porc ont fait l'objet d'un sous-typage, et on a déterminé qu'ils étaient contaminés par C. parvum (génotype bovin), considéré comme zoonotique. Cryptosporidium a été détecté dans 30 des 32 échantillons d'eau de surface non traitée du site sentinelle 1 (Grand River) au cours de la première année de surveillance.

Trois cas de cyclosporose ont été signalés : un était lié à un voyage, et les deux autres ont été classés dans la catégorie » endémique « . La cyclosporose n'est pas considérée comme endémique au Canada. Par conséquent, Cyclospora n'était pas visé par le programme de surveillance active.

Au total, 20 cas d'amibiase (4,1/100 000 personnes-années) ont été recensés. Sur ces 20 cas, 7 étaient liés à des voyages, et 13 ont été classés dans la catégorie » endémique « (2,7/100 000 personnes-années). Comme la plupart des infections à Entamoeba au Canada sont liées à des voyages, à l'immigration et à la transmission interhumaine, elles n'ont pas fait l'objet d'une analyse dans le cadre du programme C-EnterNet.

En plus de la surveillance continue des agents pathogènes entériques pour les volets » agroalimentaire « et » eau « du programme C-EnterNet, diverses activités ponctuelles ont été réalisées, dont certaines présentent un intérêt direct pour l'attribution du degré de risque et l'exposition aux agents pathogènes.

Un sondage sur la consommation d'aliments (n = 2 332) axé sur la salubrité des aliments a été mené. Le sondage a fourni des données de référence sur la consommation d'aliments et d'eau et de l'information sur la manipulation des aliments par des personnes en bonne santé. Le sondage a également rendu possible la comparaison des facteurs de risque à partir des questionnaires.

Des échantillons de viande en vente au détail ont fait l'objet d'une évaluation quantitative de la charge pathogène et d'un dénombrement. La charge pathogène était sous le seuil de détection dans le cas de la majorité des échantillons positifs (Campylobacter, Salmonella, Listeria et Yersinia). Par exemple, pour la majorité des échantillons de poulet (85 p. 100), le degré de contamination par Salmonella était inférieur au seuil de détection; deux échantillons de poulet (6 p. 100) étaient toutefois fortement contaminés (> 1 100 NPP/g). On dispose ainsi de données sur la concentration et la prévalence pour effectuer une modélisation des risques.

Une étude a été réalisée afin de quantifier les effets de l'entreposage réfrigéré sur la concentration des agents pathogènes présents dans le poulet cru après des périodes de 5 et de 8 jours. En ce qui concerne Salmonella et Campylobacter, les résultats n'ont révélé aucune différence notable entre la charge pathogène au moment de la collecte de l'échantillon et la charge pathogène à la fin des deux périodes d'entreposage. On a toutefois noté des différences statistiquement significatives dans le cas de Listeria. En effet, les NPP ont augmenté entre le jour 0 et le jour 5 ou 8 (la différence moyenne maximale était de moins de 0,6 log).

D'autres activités relatives à l'attribution de sources sont en cours : un groupe de partenaires travaille à l'élaboration d'un cadre conceptuel pour l'attribution des sources; on a entrepris des travaux visant à analyser une série de données sur les éclosions de maladies d'origine alimentaire survenues au Canada; on utilise une méthode d'attribution de source quantitative fondée sur les données historiques canadiennes sur Salmonella; et on a établi des liens avec d'autres groupes qui s'intéressent à l'attribution de source et au fardeau des maladies entériques au Canada et dans le monde. D'autres moyens seront utilisés pour analyser les données de C - EnterNet au fur et à mesure que le programme se développera (davantage d'années, soustypage plus détaillé, etc.).

Les résultats publiés dans le présent document serviront de référence pour les travaux de surveillance continue des mouvements, des comportements, de la prévalence et des répercussions des agents pathogènes dans le premier site sentinelle, puis dans d'autres sites au Canada. À mesure que le nombre de sites sentinelles croîtra et que l'on sera en mesure de mettre en oeuvre toutes les activés de surveillance prévues, l'information plus exhaustive et fiable qui découlera des résultats de laboratoire et des données épidémiologiques rendra possible l'observation des tendances relatives à la survenue des maladies entériques et aux sources d'exposition, et éclairera les travaux d'attribution de source, les rendant plus rigoureux.

Le présent rapport résume les résultats du nouveau système de surveillance intégré des maladies d'origine alimentaire et hydrique du Canada, lequel comporte quatre principaux volets. Les données recueillies dans le cadre de ce système de surveillance nous permettent de conclure que l'épidémiologie des maladies d'origine alimentaire dans une collectivité canadienne concorde avec ce que l'on observe dans d'autres pays développés. Ces résultats sont prévisibles dans le contexte de la mondialisation de la distribution alimentaire, des technologies et des pratiques. Lorsque le système de surveillance sera entièrement fonctionnel, le Canada sera en mesure de surveiller l'efficacité des interventions qui s'appliquent aux systèmes alimentaire et hydrique du pays, afin de préserver la salubrité des aliments et de l'eau de boisson contre les nouvelles difficultés qui se présenteront.