Rapport annuel de C-EnterNet 2006

...Programme de surveillance nationale intégrée des agents pathogènes entériques

Table des matières

• Remerciements
• Sommaire

1. Introduction
   1.1 Contexte
   1.2 Portée et contenu
   
2. Résumé des cas humains
   2.1 Aperçu des cas humains
   2.2 Cas associés à une éclosion
   2.3 Cas liés à un voyage
   2.4 Cas endémiques
3. Campylobacter
   3.1 Cas humains
   3.2 Surveillance de l'exposition
   3.3 Intégration et synthèse
   
4. Salmonella
   4.1 Cas humains
   4.2 Surveillance des expositions
   4.3 Intégration et synthèse
5. E. Coli pathogène
   5.1 Cas humains
   5.2 Surveillance des expositions
   5.3 Intégration et synthèse
6. Yersinia
   6.1 Cas humains
   6.2 Surveillance des expositions
   6.3 Intégration et synthèse
7. Listeria
   7.1 Cas humains
   7.2 Surveillance des expositions
   7.3 Intégration et synthèse
8. Parasites
   8.1 Giardiase
   8.2 Cryptosporidiose
   8.3 Cyclosporose
   8.4 Amibiase
9. Activités ponctuelles
   9.1 Tendances en matière d'achat de viande au détail
   9.2 Comparaison des cas de maladie entériques associés au voyage aux autres cas
   9.3 Norovirus et Rotavirus à la ferme et dans la viande au détail
   9.4 Vers une meilleure compréhension du flux des aliments dans la région de Waterloo
   
10. Vers l'avenir

• Annexe A : Réponses aux questionnaires
• Annexe B : Résultats des comptes bactériens
• Annexe C : Les méthodes de détection moléculaires en comparaison des autres

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Sommaire

Le rapport annuel 2006 de C-EnterNet présente les données de surveillance récoltées dans le site sentinelle - la région de Waterloo - au cours d'une année civile complète pour les quatre composantes qui sont la composante humains, la composante aliments au détail, la composante eau et la composante à la ferme. Cette information complète celle obtenue des données de surveillance de 2005 pour former un point de référence qui servira à comparer les résultats futurs et déterminer les tendances quant à l'occurrence des maladies entériques chez les humains et quant à la détection des agents pathogènes parmi les sources d'exposition. Ce rapport inclut les résultats de sous typage moléculaire qui sont cruciaux pour intégrer les résultats venant des quatre composantes. L'extension de ces activités à d'autres sites sentinelles pour couvrir environ 10 p. 100 de la population canadienne permettra une représentation nationale des maladies entériques au Canada. Bien qu'encore dans sa phase pilote, le programme de surveillance intégrée C-EnterNet a fournit des résultats mettant en évidence les domaines d'intérêt clés pour les parties prenantes en matière de santé publique et de salubrité des aliments et de l'eau.

Au total, 420 cas de 10 maladies entériques d'origine bactérienne, virale et parasitaire ont été signalés aux autorités locales de la santé publique dans le site sentinelle. Un pour cent (4) des cas était lié à une éclosion, 31 p. 100 (131) à des voyages et 68 p. 100 (285) à une cause endémique. Les quatre maladies les plus fréquemment signalées (la salmonellose, la campylobactériose, la giardiase et les infections par des E. coli producteurs de vérotoxine (ECPV)) comptaient pour 82 p.100 de ces derniers cas.

La comparaison des données de surveillance de C-EnterNet aux données historiques du site sentinelle montre que globalement la prévalence des maladies gastro-intestinales aigues a été relativement stable au cours de la dernière décennie. Parmi les maladies les plus fréquentes, la campylobactériose et la giardiase ont légèrement diminué tandis que la salmonellose est restée stable. Pour les maladies moins fréquentes, la yersiniose a graduellement augmenté et l'incidence des cas d'infection par les ECPV, de cryptosporidiose et d'hépatite A ont été plus élevées ces quelques dernières années par rapport à dix années précédentes.

Globalement, 31 p. 100 des cas humains de maladies gastro-intestinales dans le site sentinelle étaient associés à un voyage en dehors du Canada. La proportion de cas liés à un voyage était cependant plus élevée pour certains agents pathogènes dont le virus de l'hépatite A (67 p. 100), Shigella (50 p. cent), Giardia (48 p. cent) et les salmonelles (44 p. cent). À l'opposé, les infections par E. coli O157:H7 et la yersiniose semblaient être principalement acquises au Canada. L'examen des cas associés à un voyage en fonction des résultats de sous typage a révélé certains patrons. Par exemple, 58 p. 100 des infections par Salmonella Enteritidis avaient été contractées à l'étranger, alors qu'aucun des cas de S. Typhimurium et de S. Heidelberg rapportés dans le site sentinelle a été associé à un voyage. De plus, alors que la majorité des cas de C. jejuni étaient endémiques, la majorité de cas de C. coli étaient associé à un voyage en dehors du Canada et leur profil de résistance aux antimicrobiens exhibait de la multirésistance.

Les questionnaires standardisés ont mis en évidence quelques facteurs de risque qui méritent d'être davantage étudiés. Par exemple, épidémiologiquement, les reptiles et les chiens semblent être des facteurs de risque potentiels pour les infections humaines, respectivement, par les salmonelles et Campylobacter. De plus, l'eau potable qui n'est pas d'origine municipale, le fait de nager dans une piscine comme celui de côtoyer des animaux lors d'une visite à la ferme semblent être d'importants facteurs de risque pour les infections par Giardia dans le site sentinelle.

C-EnterNet a détecté la présence d'agents pathogènes potentiellement responsables de maladies entériques dans la viande pour les trois filières de production animale testées. Ceci souligne la nécessité de manipuler adéquatement la viande et de la faire cuire suffisamment. Selon l'énumération des comptes bactériens par la méthode du Nombre le plus probable (NPP), les comptes étaient sous le seuil de détection pour la majorité des échantillons. Ceux-ci représentent très vraisemblablement un plus faible risque puisque leur nombre était suffisant pour qu'il soit détecté par les méthodes de culture d'enrichissement mais cependant trop faible pour en faire le décompte (<0,3 NPP/g).

Les résultats de sous typage ont montré que dans quelques cas les sous types particuliers retrouvés dans la viande au détail étaient similaires à ceux qui occasionnement des maladies chez les cas. Par exemple, dans le cas de Salmonella Enteritidis, le patron SENXAI.0038 obtenu par l'électrophorèse sur gel en champ pulsé était le plus fréquent parmi les échantillons de viande de poulet au détail et aussi parmi les cas humains endémiques. Par contre, le patron SENXAI.0001 était le plus fréquent parmi le cas humains de Salmonella Enteritidis associés à un voyage alors qu'il n'a jamais été détecté parmi les échantillons de viande testés. Comme autre exemple, C. jejuni a été l'espèce de Campylobacter la plus fréquemment retrouvée dans les échantillons de poulet cru et c'était aussi l'espèce prédominante parmi les cas humains. À l'opposé, certains sous types sont moins préoccupants. Salmonella Kentucky, le sérovar de salmonelles le plus fréquent parmi les échantillons de viande de poulet cru, n'a affecté aucun cas humain de salmonellose dans le site sentinelle. Bien que des Yersinia aient été détectées dans de la viande de porc au détail, leur sous typage subséquent a infirmé qu'il s'agissait de souches pathogènes pour les humains.

L'analyse de la saisonnalité de la présence des pathogènes dans les données de la composante aliments au détail n'a rien révélé pour les salmonelles. Par contre, la prévalence de Campylobacter dans la viande de poulet au détail a doublé en automne 2006. Il est intéressant de noter que ce pic a suivi l'augmentation typique des cas humains de campylobactériose observé durant les mois d'été.

La surveillance dans les entreprises de production porcine et laitière dans le site sentinelle a détecté la présence de quelques sous types d'agents pathogènes connus pour occasionner des maladies entériques chez les gens. Par exemple, S. Typhimurium a été le sérovar de salmonelles le plus fréquent chez les patients et dans les fermes porcines et le second plus fréquent dans les fermes laitières. Des Giardia de l'Assemblage B et des Cryptosporidium parvum, qui sont pathogènes pour les êtres humains, ont été trouvés dans des fumures porcines et dans des fumures de bovins laitiers. À l'opposé, bien que des souches pathogènes de E. coli avaient été détectées dans les fumures de bovins laitiers et dans les eaux de surface non traitées, leur patron d'électrophorèse sur gel en champ pulsé étaient différents de ceux des isolats humains, ce qui suggère la circulation des différentes souches dans ces composantes. La composante à la ferme a été étendue en 2007 aux élevages de bovins de boucherie et aux entreprises de volaille dans le site sentinelle.

L'eau de surface non traitée ne peut pas être ignorée comme voie potentielle d'exposition pour plusieurs agents pathogènes entériques. Par exemple, le sérovar de 13 des 32 isolats de Salmonella d'origine hydrique était aussi présent parmi les cas de salmonellose humaine. De plus, la détection des ECPV, de C. jejuni et de C. coli démontre le risque potentiel occasionné par l'eau récréative naturelle comme source de maladies entériques humaines. Giardia et Cryptosporidium ont aussi apparus souvent dans les eaux de surface non traitées. Au début de l'année il semblait y avoir une corrélation entre cas humains endémiques et la concentration moyenne de oocystes de Giardia dans l'eau de surface non traitée. Les souches pathogéniques pour les êtres humains les plus fréquentes, C. hominis et C. parvum du génotype bovin, ont été identifiées dans des échantillons d'eau de surface non traitée.

Plusieurs activités ponctuelles de surveillance ont été menées dans le site sentinelle en 2006. Une enquête sur la consommation des aliments a été conduite entre novembre 2005 et mars 2006 dans le site sentinelle pour fournir des données de référence sur la consommation d'aliments et sur des informations à propos de la manipulation des aliments dans la population d'individus en santé. Selon les résultats de cette enquête, la majorité (76 p. cent) des consommateurs achetaient la viande de grands magasins faisant partie d'une bannière tandis qu'une plus petite proportion (<10 p. cent) magasinait dans des magasins en dehors d'une bannière (par exemple, une boucherie ou une commerce indépendant). De plus cette enquête a confirmé que le boeuf haché, les côtelettes de porcs et les poitrines de poulet étaient les trois premiers choix d'achat des résidents du site sentinelle, confortant la décision d'échantillonner ces viandes dans les magasins de détail.

Les données de C-EnterNet couvrant la période de juin 2005 à décembre 2006 ont été analysées pour comparer les cas de maladies entériques liés à un voyage aux autres cas (endémiques et associés à des éclosions ensemble). De nombreux cas de salmonellose (30/64) avaient été associés à un voyage au Mexique et dans les Caraïbes. La majorité des cas d'hépatite A (7/9) et d'amibiase (7/9) ont rapporté avoir voyagé en Asie. Les cas de giardiase étaient plus souvent associés à des voyages en Asie, au Mexique et dans les Caraïbes. À l'opposé, il semble plus probable que les cas de E. coli O157:H7 soient domestiques puisque 59 cas d'infection n'étaient pas liés à un voyage pour un seul cas de maladie contractée à l'étranger.

En collaboration avec le Bureau des dangers microbiens de Santé Canada, une étude de courte durée a été entreprise pour déterminer la présence de norovirus et de rotavirus dans la viande au détail et dans les fumiers des fermes porcines et laitières dans le site sentinelle. Un norovirus presque similaire à la souche humaine GII.4 a été détecté dans les fumures porcines et de bovins laitiers et dans une côtelette de porc. Le fait que cette souche soit infectieuse pour les êtres humains reste incertain. Un rotavirus du groupe A, une souche capable de rendre les personnes malades, a été détectée dans tous les types de viande et de fumures testés.

Ces points saillants découlant des activités de C-EnterNet en 2006 ne forment qu'un résumé des résultats du système de surveillance. Le rapport complet fournit des détails additionnels par rapport aux tendances observées durant l'année 2006. Au fur et à mesure que le système de surveillance s'étendra à d'autres sites sentinelle, les données de toutes ces activités génèreront des résultats qui pourront être davantage généralisés à la population canadienne. Les résultats seront directement utilisés pour éclairer l'élaboration de politiques nationales en matière de salubrité de l'eau et des aliments. Le but ultime est de s'assurer de notre capacité à préserver la salubrité des aliments et de notre approvisionnement en eau malgré les nouvelles difficultés qui se présenteront et les changements dans notre environnement.