On retrouve la même situation chez les chirurgiens généraux. Selon l'entente entre le Ministère et la Fédération des Médecins spécialistes, on a prévu des augmentations relatives à la productivité et à la tarification des actes qui sont appliquées ailleurs au Québec, mais pas aux Îles-de-la-Madeleine. Les chirurgiens des Îles veulent simplement être traités comme tous les autres chirurgiens du Québec. Comme les médecins omnipraticiens des Îles, les chirurgiens doivent effectuer des actes qui relèvent de d'autres spécialités.

Le 9 avril 1989, les moyens de pression des médecins omnipraticiens cessent, car une nouvelle entente est établie entre les médecins et la Fédération des médecins omnipraticiens du Québec. Cette entente porte sur deux points et met les médecins des Îles au même niveau que les autres médecins du Québec pour le salaire annuel. Premièrement, il y a les avantages sociaux où les médecins peuvent désormais cumuler leurs heures de travail pour les comptabiliser dans le régime de retraite spécial des médecins. Deuxièmement, il y a la bonification du salaire dont la prime d'éloignement donnée aux médecins des Îles qui s'étend maintenant sur une période de quatre ans.

En 1994, de nouveaux moyens de pression sont pris par les médecins des Îles-de-la-Madeleine afin de régler le dossier de la médecine en région éloignée. Ils consistent à ne pas signer les documents administratifs des patients. Le 3 mars 1994, l'animateur Jean-Luc Mongrain intervient dans le dossier pour discuter avec le Dr St-Aubin porte-parole des médecins. Le conflit se régla avant l'émission prévue.

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