En 1636, Isaac de Razilly meurt et Aulnay prend sa succession.  Aulnay deviendra gouverneur-général et seigneur de l'Acadie, par proclamation royale. Aulnay (avec Razilly) fut le véritable organisateur de la colonie acadienne. De 1632 à 1650, une cinquantaine de familles françaises s'établissent en Acadie. À la mort d'Aulnay en 1650, La Tour deviendra gouverneur et lieutenant du Roy en Acadie.

En 1654 sous les ordres du major Sedgwick de Boston, une guerre éclate entre la France et l'Angleterre au sujet des limites de territoire.  La Tour se rend à Londres où il réussit à obtenir de Cromwell une part du partage de l'Acadie, conjointement avec Sir Thomas Temple.  Durant l'occupation anglaise de Port-Royal par Sedgwick, les colons français sont déplacés vers le haut de la rivière Port-Royal (rivière Annapolis ou rivière Dauphin).  Comptant que l'Acadie sera éventuellement rendue à la France, Colbert, ministre de Louis XIV, leur défend de quitter le pays sans autorisation.  Le traité de Bréda, signé en 1667, a pour conséquence le transfert de l'Acadie à la France.