Outre ses deux directions générales, soit la Direction générale de la planification et de l’intégration de la santé publique et la Direction générale des maladies infectieuses et des mesures d’urgence, l’Agence de la santé publique du Canada compte également trois bureaux dont les dirigeants relèvent directement de l’administrateur en chef de la santé publique : le bureau du conseiller scientifique principal, le bureau du dirigeant principal de la vérification et le bureau du dirigeant principal des finances.
Le Bureau du conseiller scientifique principal a pour mandat général de coordonner les activités scientifiques et d'intégrer les politiques scientifiques. Il cherche aussi à renforcer les réseaux scientifiques de l'Agence à l'interne et à l'échelle nationale.
Le Bureau du dirigeant principal de la vérification voit à la réalisation de manière professionnelle des vérifications internes et assure l’adéquation des contrôles internes de l'ASPC, en particulier en évaluant les contrôles exercés sur la gestion financière et les rapports financiers et la prestation des programmes et activités en tenant compte des impératifs d'économie, d'efficacité et d'efficience.
Le Bureau du dirigeant principal des finances voit à l’éventail complet des activités de gestion financière de l’ASPC.
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