Une personne tombe malade, pour une raison inconnue, et présente les symptômes classiques d'intoxication alimentaire (nausées, diarrhée, raideurs articulaires, céphalée). Dans la plupart des cas, la personne ne consulte pas un professionnel de la santé.

Toutefois, dans certains cas, particulièrement si elle est très âgée, très jeune, enceinte, immunodéprimée, ou présente des symptômes très sévères, la personne verra un professionnel de la santé.

Le professionnel de la santé décide quels conseils donner au patient ou quel traitement lui administrer. Il décide aussi si un échantillon sera envoyé ou non à un laboratoire pour être analysé. L'analyse peut aider à déterminer la cause de l'infection et permettre d'améliorer les conseils ou le traitement que reçoit le patient.

La principale difficulté pour le système de santé publique lorsqu'une éclosion d'intoxication alimentaire survient, c'est que la plupart des gens n'auront pas besoin de voir un médecin, et que lorsqu'elles le feront, tous les médecins ne prélèveront pas d'échantillons. Lorsqu'une éclosion survient, un grand nombre de personnes peuvent être malades en même temps, mais il est difficile de savoir combien sont frappées, de quoi elles souffrent, et si les cas sont reliés.

Pour reconnaître une éclosion, les responsables de la santé publique doivent d'abord constater des taux inhabituels de maladie. Un exemple serait une province où le nombre habituellement signalé de cas d'un type particulier de Salmonella passerait soudainement de deux à dix par semaine. Les responsables doivent ensuite déterminer ce qui cause les plus hauts taux de maladie.

Certaines éclosions sont constatées lorsqu'un certain nombre de personnes tombent malades après avoir mangé au même endroit. Les responsables de la santé publique interrogent les personnes malades et sont parfois en mesure d'établir un lien avec une source alimentaire probable. Un exemple serait un groupe de personnes qui tombent malades après avoir participé au même banquet de noces ou mangé au même restaurant.

Confirmer la cause de la maladie et déterminer l'empreinte génétique de la bactérie, du virus ou du parasite au laboratoire sont d'importantes étapes pour relier les cas de maladie ensemble ou à une source alimentaire.

Les laboratoires provinciaux, territoriaux et fédéraux analysent les échantillons prélevés chez les patients pour déterminer l'empreinte génétique de la bactérie, du virus ou du parasite responsable de la maladie. Le laboratoire affiche ensuite les résultats sur Pulsenet, un réseau national qui permet aux microbiologistes de repérer et de partager les empreintes génétiques aux fins de comparaison dans tout le pays. Tous les laboratoires comparent leurs résultats avec ceux qui sont affichés sur Pulsenet pour trouver des correspondances et reconnaître les éclosions de maladie. Pulsenet est coordonné par le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada à Winnipeg.

Les responsables de la santé publique au niveau local, provincial, territorial et fédéral peuvent aussi publier des avis au sujet d'éclosions d'infection alimentaire sur le Web en utilisant le système sécurisé d'alerte du Centre canadien de renseignements et de surveillance des éclosions, pour tenir au courant le reste de la communauté de la santé publique au Canada.

L'Agence de la santé publique du Canada travaillera aussi avec des partenaires internationaux, comme l'Organisation mondiale de la santé et les Centers for Disease Control and Prevention aux États‑Unis, si l'éclosion déborde les frontières du pays. L'Agence souscrit au Règlement sanitaire international, qui prévoit des mesures de protection, de contrôle et d'intervention contre la propagation internationale des maladies.

Résoudre une éclosion, c'est comme faire un puzzle, sauf que dans la plupart des cas, les responsables n'ont pas tous les morceaux au départ, et ne savent pas à quoi ressemble l'image, combien il y a de morceaux et où sont ces morceaux.

La coordination d'une enquête sur une éclosion relève des autorités locales, provinciales ou fédérales de la santé, selon l'étendue de la propagation. Par exemple, si l'éclosion est limitée à une ville, les responsables de la santé au niveau local se chargeront de la coordination. Les responsables provinciaux en feront autant si plusieurs municipalités dans une province sont touchées. L'Agence de la santé publique du Canada joue le premier rôle si l'éclosion touche plus d'une province.

Les responsables de la santé publique commencent à demander aux patients, à l'aide de questionnaires simples généralement, ce qu'ils ont fait, où ils sont allés ou ce qu'ils ont mangé au cours des jours ou des semaines qui ont précédé. Une fois les morceaux à leur place, et la source probable de l'infection trouvée dans un aliment particulier, Santé Canada et l'Agence canadienne d'inspection des aliments évaluent le risque et interviennent, s'il y a lieu.

Les autorités de la santé publique communiqueront ensuite avec le public ou les personnes à risque pour les conseiller sur les moyens à prendre pour se protéger.

Il peut parfois falloir un certain nombre de semaines entre le moment où une personne tombe malade et celui où une source alimentaire est incriminée et où des mesures sont prises. Dans certains cas, la source de l'éclosion n'est jamais trouvée.

Lorsque l'éclosion est maîtrisée, le gouvernement et la communauté de la santé publique revoient ce qui s'est passé pour tirer des leçons de l'expérience et les mettre en application pour améliorer les systèmes de santé et de salubrité des aliments au Canada.