Bientôt Marie Martin donne naissance à un fils, Claude. En plus d'élever son fils, elle doit de plus en plus s'impliquer dans la besogne de son mari rongé par la maladie. En 1619, alors qu'elle n'a que dix-neuf ans, il décède. Elle se retrouve seule avec comme unique compagnie un tout jeune fils et une belle-mère difficile. Elle ne perd pas courage pour autant et se met à la tâche.

Le 24 mars 1620, Marie entend à nouveau l'appel de Dieu. Suite à cet événement, «Marie fait le voeu de chasteté. Elle vit avec son fils chez son père. Elle a liquidé la soierie et se plaît dans la solitude: elle converse avec Dieu, soigne les pauvres et les malades.»(1). Les nécessités de la vie obligent bientôt Marie à trouver un emploi pour subvenir à ses besoins et à ceux de son fils. Elle devient donc gouvernante grâce à la bonté de Paul Bisson, époux de sa soeur. Mais peu à peu, les responsabilités rattachées à sa tâche se multiplient. Elle se trouve bientôt à la charge des affaires de son beau-frère. Malgré qu'elle soit partagée entre la besogne et son fils, Marie trouve toujours le temps de se consacrer à la prière. Ses rencontres avec mère Françoise de Saint-Bernard, ursuline, se multiplient. Marie ressent de plus en plus l'appel de Dieu, et le 25 janvier 1631 malgré le déchirement que représente cette lourde décision, elle répond à l'appel de Dieu en entrant chez les Ursulines. On l'appellera dès lors Marie de l'Incarnation.

La mission de Marie n'était pas pour autant accomplie. Un soir, Marie de l'Incarnation fit un rêve: «Une nuit, après un discours familier que j'avais eu avec Notre-Seigneur, en dormant, il me fut représenté que j'étais avec une dame séculière que j'avais rencontrée par je ne sais quelle voie. Elle et moi quittâmes le lieu de notre demeure ordinaire. Je la pris par la main et, à grands pas, je la menai après moi, avec bien de la fatigue parce que nous trouvions des obstacles qui s'opposaient à notre passage et nous empêchaient d'aller au lieu où nous aspirions. Mais je ne savais ni où, ni les chemins. Or cependant, je franchissais tous ces obstacles en tirant après moi cette bonne dame. Enfin, nous arrivâmes à l'entrée d'une belle place, à l'entrée de laquelle il y avait un homme vêtu de blanc. Il était le gardien de ce lieu. Il nous fit entrer et, par un signe de la main, nous fit entendre que c'était par là où il fallait passer...Ce lieu était très éminent, au bas duquel il y avait un grand et vaste pays, plein de montagnes, de vallées.» (2). Quelques jours plus tard, Marie rencontre, la dame de son songe: madame de Chauvigny de la Peltrie. Devenue récemment veuve, elle hérite d'une fortune considérable qu'elle décide de consacrer à l'ouverture d'une maison d'enseignement au Canada. Marie de l'Incarnation y voit l'appel qu'elle attendait.

Le départ de Marie de l'Incarnation pour la Nouvelle-France marque une coupure définitive avec son fils. Mais l'appel se fait insistant et rien ne peut la retenir. Le 4 mai 1639, Marie de l'Incarnation accompagnée de soeur Marie de Saint-Joseph, de Mme de la Peltrie, et de trois augustines hospitalières, s'embarque pour la grande aventure. Le navire qui les emportent par hasard ou par signe du destin, est dédié à Saint-Joseph, patron du Canada, et le protecteur de l'Église naissante.

Le 1er août 1639, le navire arrive enfin à Québec après une traversée des plus difficiles. L'accueil que leur réservent les habitants de Québec fait oublier les malheurs du voyage. La colonie ne compte alors que quelques habitants, et les habitations peu nombreuses, obligent les soeurs à s'entasser dans un seul bâtiment pourvu d'une seule pièce, selon la mode du temps. Marie de l'Incarnation se met rapidement à la recherche d'un terrain qui soit approprié à la construction d'un couvent. La compagnie des Cents-Associés qui possède la majorité du territoire, leur cède une parcelle.

La première pierre du couvent est posée le 19 avril 1641 par Mme de la Peltrie. Les travaux progressent sous l'oeil attentif de Marie de l'Incarnation qui a conçu elle-même les plans de l'édifice. Bientôt, les ursulines s'installent et commencent leur travail d'éducatrice. Les soeurs, reçoivent les Amérindiens et partagent avec eux les repas. Bien que les ressources soient limitées et que les conditions de vie soient rudes, le travail progresse. La bienveillance de Mme de la Peltrie, n'est pas étrangère à ce confort.

En 1641, Jeanne Mance arrive à Québec. Accompagnée de M. Paul Chomedey de Maisonneuve, elle ira ouvrir un nouveau poste à Ville-Marie. Mais l'hiver est déjà tout près et cette entreprise est remise à plus tard. Elle s'installe donc à Québec où elle devient l'amie de Marie de l'Incarnation et de Mme de la Peltrie. L'enthousiasme de Mme de la Peltrie pour la nouvelle aventure que propose Jeanne Mance lui sourit à tel point que, le printemps venu, Mme de la Peltrie abandonne les ursulines pour se joindre à Jeanne Mance. Pour les ursulines, c'est le désastre. Comment vont-elles subvenir maintenant aux besoins de leur communauté grandissante? La cotisation des pensionnaires aurait résolu bien des problèmes, mais en ce nouveau pays, les habitants sont pauvres et le règlement de leur compte ne peut être que le fruit de leur labeur: du bois de chauffage, du beurre, du poisson... Le temps passe et la situation devient de plus en plus difficile. Marie de l'Incarnation commence à désespérer, lorsqu'en 1644, Mme de la Peltrie revient auprès des ursulines.

Les peines sont nombreuses dans cette contrée, le froid, la maladie, les attaques des Amérindiens et bien sûr, le feu. En 1650, au cours de la nuit du 30 au 31 décembre, le couvent brûle. Nouvelle épreuve à surmonter pour Marie de l'Incarnation. Mais son courage ne connaît pas de limites. Bientôt s'ajoute aux difficultés ordinaires, le désintéressement de la France de sa colonie. L'arrivée de l'intendant Talon et de monseigneur François de Laval en 1659 allait changer cet état de chose.

Le nombre d'habitants de la ville croît constamment, bien que la menace des colonies anglaises se fasse croissante. Marie de l'Incarnation donne une constitution aux ursulines. Elle prodigue des conseils utiles et sages aux autres communautés et même au gouverneur. Elle travaille et prie ardemment Dieu pour devenir une personne toujours plus parfaite. Son dévouement sans borne épuise peu à peu ses forces. Le 30 avril 1672, la maladie l'emporte, mais l'oeuvre qu'elle a construite demeure le plus grand monument à sa mémoire.